Zusammen mit dem Pianisten und Komponisten Frank Zabel, den Schlagzeugern Kersten Hanke und Guido Pieper ist Stefan Thomas Mitglied des Ensemble  Différance.
Neben der Sonate für zwei Klaviere und Schlagzeug von Béla Bartók führte das Ensemble u.a. Werke auf von:
Pierre Boulez, Jan Müller-Wieland, Frank Zabel, Stefan Thomas und Stefan Johannes Hanke
Das Duo Frank Zabel und Stefan Thomas tritt auch unter dem Namen "Duo Différance" auf.
Bei Brillant Classics erschien 2007 eine CD-Aufnahme von Beethovens Gesamtwerk für Klavier zu vier Händen.
Einen Schwerpunkt hat das Duo bei der Literatur für zwei Klaviere im Vierteltonabstand.
Neben den "Klassikern" dieser Besetzung, Ives und Wyschnegtradsky, haben die Musiker noch eigens für Sie komponierte Werke von André Werner, Manfred Stahnke und Hans Peter Reutter im Repertoire.
Daneben spielt Stefan Thomas noch regelmäßig Kammermusik in den verschiedensten Kombinationen, u.a. mit der Sängerin Irene Kurka, der Flötistin Filine Precht und der Saxophonistin Christine Rall.